市动物卫生监督管理局内设5个职能处（室）。

（一）办公室
    协助局领导协调和处理政务工作和机关日常工作；负责机关及直属单位的党群、人事等管理工作；承担县（市）、区动物卫生监督管理部门领导班子的协管工作；负责制定全市动物卫生、畜牧生产和草业中长期发展规划、年度基本建设计划、财政专项资金计划；负责对财政专项资金计划执行情况进行监督检查；负责局机关财务工作；负责局直属单位内部审计和国有资产监管工作。

（二）监督处
    贯彻执行国家、省关于动物卫生工作的方针、政策及有关法律、法规；组织起草动物卫生地方性法规、规章；拟定全市动物卫生监督工作政策、规划；监督实施动物卫生技术规范和标准；负责查处违反动物卫生法律、法规的行为和案件；负责动物卫生行政复议、听证、许可和应诉工作；负责动物防疫监督检查站和动物卫生派出机构的监督工作；负责全市种畜禽繁育体系建设等工作；负责地方畜禽良种资源保护、选育工作。

（三）疫病控制处（畜牧生产与草业处）
    负责全市动物疫病预防、动物及动物产品的检疫和兽医公共卫生管理工作；负责重大动物疫病的综合防治工作；拟定动物传染病和与兽医公共卫生相关的群发疾病的防治规划及措施；对突发重大动物疫病实施紧急处置；负责市防治重大动物疫病指挥部办公室的日常工作。贯彻执行关于畜牧和草业工作的方针、政策及有关法律法规；制定和实施畜牧、草业发展规划和计划；组织、实施、推进传统饲养方式转变及畜牧业产业化工作；实施畜牧、草业基本建设项目；组织草地资源保护、建设和利用工作；负责草原防火、鼠虫害防治工作。

（四）畜产品安全处（市饲料工作办公室、无公害畜产品工作办公室）
    贯彻执行有关饲料、兽药、无公害畜产品管理的法律、法规、规章；拟定和实施饲料、兽药和无公害畜产品的规划和计划；制定并组织实施动物及动物产品兽药残留监控计划；负责饲料、兽药产品质量的监督管理工作；组织实施无公害畜产品产地认定和产品认证，负责对无公害畜产品进行跟踪检查和监督管理工作。

（五）兽医医政与科教处
    负责全市兽医执业人员和兽医执业单位的监督管理工作；组织实施动物卫生基础设施建设；负责兽医的行风建设工作；拟定全市动物卫生科技、教育、标准的规划和计划；组织实施动物卫生重大科技攻关和技术示范工程；负责动物卫生系统专业技术人员的在职培训和继续教育工作。